В 1964 году в школе Святого Николая харизматичный священник отец Флинн пытается перевернуть строгие школьные обычаи, которые долгое время яростно охраняла сестра Элоиза Бовье, директриса, которая верит в силу основанной на страхе дисциплины. Когда ветры перемен охватывают американское общество, школа принимает первого чернокожего ученика, Дональда Миллера. Сестра Джеймс делится с сестрой Элоизой подозрением, что отец Флинн уделяет Дональду слишком много внимания. Тогда директриса устраивает личный крестовый поход против Флинна, чтобы раскрыть всю правду и изгнать его из школы. Но так ли оправданы ее подозрения?
Действие пьесы происходит в шестидесятые годы в нью-йоркской католической школе Святого Николая, где сталкиваются характеры двух людей в сутанах - консервативной сестры Аллоизии и отца Флинна, придерживающегося прогрессивных взглядов на роль церкви в меняющемся мире. Их конфликт становится неразрешимым, когда сестра Алозия обвиняет своего оппонента в "аморальных отношениях" с одним из учеников.